En esta región abundan las áreas de parques nacionales (en total más de 40.000 hás) entre las que se destacan, las de Tolhuaca, Nahuelbuta y Conguillío (Malleco), el cerro Ñielol, las Pangues, Villarrica, Lautaro y Huerquehue en cautín. Esto se debe a la concientización de los últimos gobiernos respecto al daño forestal y de los suelos que sufría ésta misma.
Respecto a los árboles; éstos se concentran en las partes más húmedas de la depresión intermedia y a lo largo de los ríos formando bosques - galerías.
Hasta la “montaña” precordillerana la vegetación se muestra en todo su esplendor, formando verdaderos techos de ramas y hojas, bajo los cuales crecen enredaderas y plantas parásitas, entre las cuales se destacan los copihues. En los suelos formados por residuos vegetales se extienden alfombras de musgos y crecen helechos gigantescos.
Una de las especies más características es el pino araucaria, el cual proporciona el piñón; un alimento muy característico de la zona.
También podemos encontrar variadas especies de vegetación tales como: el avellano, las araucarias, el boldo, el peumo, el maqui, el canelo, el olivillo, el tineo, etc.
En cuanto a la fauna; ésta se ha visto muy afectada por la desaparición de bosques y vegetación de esta región.
La fauna a medida que ha pasado el tiempo ha ido disminuyendo y por ejemplo ya no se puede apreciar gran cantidad de guanacos y pumas. Actualmente esta región tiene como animales representativos: el tucúquere, el puma y el chuao.
También se puede apreciar la presencia de: zorros, chillas, quiques, chingues, gatos monteses, pudúes, ciervos, coipos y murciélagos.
Entre las aves se pueden apreciar: los colilargos, churrines, carpinteros negros, patos anteojillos, traros, hualas, tíuques y peucos.
La fauna litoral presenta animales como: los lobos marinos, pingüinos. Aves como: pájaros carneros, gaviotas y patos yuncos. Algunos peces destacados son: la lisa, la corvina, la sierra, el congrio, salmones y el pejerrey chileno.
La IX región se caracteriza también se caracteriza por tener una variada selección de mariscos en los cuales destacan: los locos, los choritos y las cholgas.
Se predice para futuro que si los bosques nativos disminuyendo; la fauna de esta región también disminuirá con ellos.